在惡性腫瘤中,肺癌在全球發病率和死亡率位居前列,特別是非小細胞肺癌(NSCLC),占比高,且存在高度侵襲性、異質性,而且組織學亞型復雜和突變特征明顯。
腫瘤微環境的異質性在單細胞RNA測序(scRNA-seq)技術的進步下,也逐漸被解剖。但是單細胞RNA測序(scRNA-seq)存在樣本量有限,缺乏基因組數據和長期隨訪數據,因此在分析腫瘤微環境生物的異質性、藥物耐藥性等方面較為片面。
在NSCLC腫瘤微環境中,白細胞是重要的細胞類型,根據往期實驗數據得出:中性粒細胞在瘤內駐留白細胞中占比8%-20%。但是,單細胞RNA測序(scRNA-seq)在中性粒細胞方面的研究較少,因此,加強NSCLC 腫瘤微環境中中性粒細胞的研究,意義重大。
最近,奧地利因斯布魯克醫科大學的Zlatko Trajanoski和Andreas Pircher研究團隊在Cancer Cell發表題為《High-resolution single-cell atlas reveals diversity and plasticity of tissue-resident neutrophils in non-small cell lung cancer》的論文,研究發現:中性粒細胞(TRNs)亞群在NSCLC的腫瘤微環境中具有不同的功能特性,尤其是,TRNs的基因標記與免疫檢查點抑制劑治療的不良預后相關。
論文首頁截圖
該研究團隊根據公開的scRNA-seq數據集,對比自己團隊的NSCLC數據集(UKIM-V),根據大數據,進行全面的分析,整合出一個全新的NSCLC單細胞核心圖譜。在該圖譜中,轉錄組數據為298名(212名NSCLC患者,86名對照者),腫瘤樣本數據為364個(196個腫瘤樣本,168個非腫瘤)。在212名NSCLC患者中,肺腺癌(LUAD)為156人,占比73.6%;肺鱗狀細胞癌(LUSC)為41人,占比19.3%。
根據NSCLC核心圖譜的研究結果跟流式細胞分析數據一致,說明:中性粒細胞群僅占所有細胞的1.5%,但是圖譜里78%的中性粒細胞來自UKIM-V數據集,其中中性粒細胞分別占UKIM-V所有細胞的12%和所有白細胞的18%。中性粒細胞表達的mRNA分子量極低,發現是由于其半衰期較短,僅為7-10小時。對比多種測序結果發現,BD Rhapsody平臺捕獲的mRNA分子數量要豐富得多,因此可能更適合檢測低mRNA含量的細胞。
結合上述結果,該研究團隊利用BD Rhapsody平臺測序的UKIM-V隊列數據和中性粒細胞的轉錄組特征進行進一步研究,發現:LUSC中中性粒細胞比例明顯較高,而LUAD中巨噬細胞、CD4 T細胞、2型肺泡細胞、過渡型棒狀細胞/2型肺泡細胞(transitional club/AT2)更為豐富。
研究的總體流程和細胞類型
根據患者腫瘤微環境浸潤模式,該研究團隊將NSCLC患者分為了四個類別:免疫荒漠型、B細胞優勢型、髓系細胞優勢型、T細胞優勢型。其中,免疫荒漠型沒有明顯的免疫細胞浸潤,但腫瘤細胞比例高;B細胞優勢型主要為B細胞、漿細胞和肥大細胞;髓系細胞優勢型主要為巨噬細胞和單核細胞;T細胞優勢型主要為CD8 T細胞、CD4 T細胞和調節性T細胞。不同免疫表型也表現出具有差異性的細胞因子信號特征。
不同腫瘤免疫表型的細胞因子信號特征
根據早期的研究結果發現,LUAD以炎癥狀態為主,LUSC傷口愈合狀態為主。根據細胞-細胞通信網絡的差異,該研究團隊進一步實驗發現:LUAD以KDR(VEGFR2,血管內皮細胞生長因子受體2)-VEGFA(血管內皮生長因子A)通信上調為特征,通過促進血管生成,開啟免疫抑制信號,而LUSC則以SPP1(分泌型磷蛋白1)和JAG-NOTCH信號通路上調為主要特征,前者促進腫瘤轉移,后者通過募集中性粒細胞調節腫瘤免疫微環境。
細胞互作分析
根據TCGA隊列數據的分析,發現轉錄組與生存數據之間的關系:腫瘤B細胞的富集度與NSCLC患者的良好預后成正相關,而中性粒細胞則呈負相關;而CD8 T細胞亞型的分析顯示,幼稚CD8 T細胞與良好預后呈正相關。
TCGA數據中細胞組成和生存率的關系
根據對NSCLC中TRNs的異質性細胞亞群的鑒定發現:腫瘤相關中性粒細胞(TANs)和鄰近正常組織相關中性粒細胞(NANs)的表達譜特征不同,且中性粒細胞是腫瘤微環境中VEGFA的主要來源,印證了TRNs重要的促血管生成作用。
同時該研究團隊還發現:TANs中凝集素型氧化低密度脂蛋白受體1(LOX-1)表達升高,腫瘤組織中存在較多的LOX-1+細胞浸潤,但在匹配的相鄰的正常肺組織中未發現LOX-1+細胞浸潤,說明LOX-1可能是一種特異性的TANs標記物。
為了深入解析TRNs不同亞群的異質性,研究團隊繼續對圖譜中TRNs進行聚類分析,鑒定出了4個TAN亞群和3個NAN亞群。
值得注意的是,TAN-2亞群CD274(PD-L1)/PDCD1(PD-1)信號通路顯著上調,提示了TAN對CD8 T細胞的免疫抑制作用,這與過去報道的中性粒細胞的富集與抗PD-1/PD-L1治療無應答有關的結果一致。
為了確定TRNs在NSCLC患者中的預后價值,研究團隊分析NSCLC患者治療前腫瘤的RNA-seq數據,這些患者經歷了抗PD-L1抗體或化療藥單藥治療。結果顯示,TRN基因標記與抗PD-L1治療應答和生存預后呈明顯負相關(p=0.003),但在化療組中并不顯著。
TRN基因標記與免疫治療應答和預后的關
綜上所述,這個研究從單細胞層面全面剖析了NSCLC腫瘤微環境,一方面,分析了中性粒細胞群對腫瘤微環境中具有不同功能特性的TRNs亞群進行深入表征,另外一方面,彌補了基因組數據以及長期隨訪數據,揭示了中性粒細胞與免疫治療抵抗和不良生存結局的關聯,為后續開發中性粒細胞耗竭劑奠定了基礎。
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