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CST抗體選擇指南

 更新時(shí)間:2020-02-14 點(diǎn)擊量:4080

很多剛剛開始信號(hào)通路研究的朋友,在訪問(wèn)CST網(wǎng)站查找抗體的時(shí)候,常常被多個(gè)抗體貨號(hào)和不同的抗體信息所困擾,不知道該如何選擇合適的抗體。為此,CST的技術(shù)支持團(tuán)隊(duì)希望通過(guò)這篇文章,系統(tǒng)介紹抗體的相關(guān)背景知識(shí),為大家正確選擇適合自身研究需要的CST抗體提供幫助。

一、CST抗體的制備工藝

 

根據(jù)抗體制備的原理和方法,主要分為單克隆抗體、多克隆抗體和基因工程抗體三大類。

 

早期傳統(tǒng)的抗體制備方法是將抗原經(jīng)各種途徑免疫動(dòng)物,由于抗原物質(zhì)具有多種抗原決定簇,故可刺激產(chǎn)生多種抗各種決定簇的抗體,形成細(xì)胞克隆,合成和分泌抗體到血清或體液中,故在其血清中實(shí)際上是含多種抗體的混合物,這種用體內(nèi)免疫法所獲得的免疫血清為多克隆抗體(polclonal antibody, Pab),也是di一代抗體。由于這種抗體是不均一的,無(wú)論是對(duì)抗體分子結(jié)構(gòu)與功能的研究或是臨床應(yīng)用都受到很大限制,因此如何能獲得均一性抗體成為關(guān)注的問(wèn)題。

 

如能將所需要的產(chǎn)生抗體的細(xì)胞株系選出并能在體外進(jìn)行培養(yǎng)即可獲得特異的單克隆抗體(monoclonal antibody, Mab),它是由識(shí)別一種抗原決定簇y的細(xì)胞克隆所產(chǎn)生的均一性抗體,目前很多單克隆抗體大都利用雜交瘤細(xì)胞技術(shù)產(chǎn)生,這種用雜交瘤技術(shù)制備的單克隆抗體可視為第二代抗體。單克隆抗體由于純度高、特異性強(qiáng)、可以提高在各種抗體應(yīng)用中檢測(cè)抗原的敏感性及特異性,已經(jīng)被廣泛采用。

 

CST的單克隆抗體主要為兔源和鼠源兩大類。由于CST在單克隆抗體的細(xì)胞克隆篩選和多種應(yīng)用的驗(yàn)證等方面非常嚴(yán)格,保證了CST單克隆抗體保持著業(yè)界的水平。目前,CSTgao品質(zhì)的抗體被稱為XP®(eXceptional Performance)的單克隆抗體,這些抗體無(wú)論在效價(jià)、應(yīng)用類型和種屬、特異性等方面的表現(xiàn)都更加,也是我們重點(diǎn)推薦的新一代產(chǎn)品。

 

由于需要研制人源單克隆抗體用于臨床治療,基因工程抗體(genetically engineering antibody)技術(shù)在80年代早期興起。這一技術(shù)是將對(duì)Ig基因結(jié)構(gòu)與功能的了解與DNA重組技術(shù)相結(jié)合,根據(jù)研究者的意圖在基因水平對(duì)Ig分子進(jìn)行切割、拼接或修飾,甚是人工合成后導(dǎo)入受體細(xì)胞表達(dá),產(chǎn)生新型抗體,也稱為第三代抗體。

 

基因工程抗體包括嵌合抗體、重構(gòu)抗體、單鏈抗體、單區(qū)抗體及抗體庫(kù)等。CST近年來(lái)一直致力于新型基因工程抗體的研究并嘗試用于治療性抗體開發(fā),并于2012年*在《Nature Biotechnology》雜志公布的研究進(jìn)展——A proteomics approach for the identification and cloning of monoclonal antibodies from serum,CST將這種技術(shù)稱為NG-XMT™技術(shù),這是一種結(jié)合了下一代測(cè)序技術(shù)(NG-sequencing)和蛋白組學(xué)技術(shù)從抗血清中進(jìn)行克隆篩選和鑒定的基因工程抗體制備工藝,能夠大大提高治療性單克隆抗體制備的效率。

 

二、CST一抗(primary antibody)的選擇

 

正確選擇CST一抗一般需要如下幾個(gè)方面的信息:

1)蛋白的名稱及亞型:某些蛋白具有多種不同的亞型,如IKK、PKC、p38等,這需要在選擇抗體之前確定要研究的蛋白亞型。還有些抗體由于其抗原選擇的是不同蛋白亞型共有的肽段區(qū)域,是可以同時(shí)識(shí)別多個(gè)亞型的,我們一般都會(huì)在抗體的名稱中加入(pan)字樣來(lái)標(biāo)明,如Akt (pan) (C67E7) Rabbit mAb #4691,就可以識(shí)別Akt1、2、3等多個(gè)亞型,結(jié)果反映的也是所有Akt亞型的總水平。

 

2)磷酸化修飾位點(diǎn):由于CST抗體有很多是針對(duì)蛋白的磷酸化修飾位點(diǎn),因此CST抗體的命名往往會(huì)在蛋白名稱后加上括號(hào)來(lái)標(biāo)注,如Phospho-4E-BP1 (Ser65) Antibody #9451,Ser65即此抗體識(shí)別的修飾位點(diǎn),在選擇合適的CST抗體用于特定修飾位點(diǎn)研究時(shí),需要特別注意。有關(guān)不同修飾位點(diǎn)的功能,可以通過(guò)查閱文獻(xiàn)確定,或登陸phosphosite.org(目前zui全的蛋白修飾位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù))查詢,也可以通過(guò)點(diǎn)擊CST網(wǎng)站該產(chǎn)品頁(yè)面中的Background(背景知識(shí))來(lái)獲取。另外,由于有的蛋白存在不同亞型且序列高度同源,而不同亞型的某些磷酸化修飾位點(diǎn)周圍的序列*相同,因此CST的某些抗體往往會(huì)同時(shí)識(shí)別不同亞型的相似修飾位點(diǎn),如Phospho-IKKα/β (Ser176/180) (16A6) Rabbit mAb #2697既可識(shí)別Ser176位點(diǎn)磷酸化的IKKα,也可以識(shí)別Ser180位點(diǎn)磷酸化的IKKβ,結(jié)果反映的也是兩者共有的水平。

 

3)抗體已驗(yàn)證的應(yīng)用(如WBIHCIP等):CST抗體一般會(huì)在出廠前對(duì)常見的抗體應(yīng)用(WB,IHC,IP, ChIP,IF,F(xiàn)low)進(jìn)行內(nèi)部驗(yàn)證,以確定可以滿足的不同應(yīng)用要求。通過(guò)驗(yàn)證,達(dá)到質(zhì)檢要求的抗體會(huì)明確標(biāo)記,以備參考。一些沒(méi)有標(biāo)明的應(yīng)用,往往是因?yàn)榻?jīng)過(guò)驗(yàn)證沒(méi)有達(dá)到質(zhì)檢標(biāo)準(zhǔn)而不推薦。比如Acetyl-Histone H3 (Lys18) (D8Z5H) Rabbit mAb #13998可以滿足除IF以外的所有其他5種應(yīng)用,有的客戶會(huì)認(rèn)為,既然該抗體可以用于IHC,根據(jù)經(jīng)驗(yàn)推斷應(yīng)該可以用于IF,那么很有可能會(huì)浪費(fèi)很多時(shí)間和試劑而不能獲得結(jié)果。也有一些沒(méi)有標(biāo)明的應(yīng)用,可能是因?yàn)槲覀儧](méi)有用于檢測(cè)的樣本而沒(méi)有檢測(cè)CST不推薦您使用沒(méi)有標(biāo)明的應(yīng)用。可以挑選其他的貨號(hào),我們可能有適用于這個(gè)應(yīng)用的更好的其它產(chǎn)品。

另外,一般直接帶有偶聯(lián)物的一抗,只能用于特定的應(yīng)用,也會(huì)明確標(biāo)記。

 

4)抗體能夠識(shí)別的樣本種屬:CST抗體一般會(huì)在出廠前對(duì)常見的不同種屬目標(biāo)樣本進(jìn)行內(nèi)部驗(yàn)證,以確定可以滿足的不同種屬類型,可以在產(chǎn)品頁(yè)面的Species-Reactivity一欄中看到(如人、小鼠、大鼠等)。通過(guò)驗(yàn)證,達(dá)到質(zhì)檢要求的種屬會(huì)明確標(biāo)記,以備參考。對(duì)于有些抗體,在 Species-Reactivity 的種屬里,有些種屬會(huì)加上括號(hào),這表示根據(jù)序列同源比對(duì),是100%符合的,但是我們并沒(méi)有做過(guò)關(guān)于這些種屬的實(shí)驗(yàn),所以不建議使用。

一些沒(méi)有標(biāo)明的種屬,也有可能是可以應(yīng)用的,建議通過(guò)聯(lián)系CST技術(shù)支持來(lái)獲得相關(guān)抗原序列比對(duì)的信息,以確定是否可以用于該種屬的樣本。

 

5CST制備抗體的抗原:抗體是由各種不同免疫原免疫宿主而制備得來(lái),其中的免疫原包括:全長(zhǎng)蛋白、蛋白片段、多肽、全有機(jī)體(如:細(xì)菌)或細(xì)胞,CST抗體說(shuō)明書一般都有免疫原的描述,如果打算檢測(cè)的是蛋白片段或一種特殊的同型物或蛋白全長(zhǎng)的某一區(qū)域,則必須選擇用含此片段域的免疫原制備出的抗體。如果打算用FACS流式檢測(cè)活細(xì)胞的表面蛋白,則需要選擇含該表面蛋白的胞外域來(lái)免疫制備的抗體。不同類型的抗原對(duì)所得到的抗體會(huì)對(duì)其應(yīng)用產(chǎn)生一定影響。CST科學(xué)家一般都會(huì)對(duì)抗體制備所用的抗原進(jìn)行說(shuō)明,并對(duì)抗體的各種常規(guī)應(yīng)用在出廠前進(jìn)行驗(yàn)證,以確定該抗體能夠滿足的應(yīng)用。

 

6)抗體的動(dòng)物來(lái)源:CST一抗(primary antibody)的動(dòng)物來(lái)源多為兔(rabbit)和小鼠(mouse),動(dòng)物來(lái)源和單/多抗信息可通過(guò)產(chǎn)品名稱和產(chǎn)品頁(yè)面或說(shuō)明書的Source / Purification得到。由于很多抗體的應(yīng)用(如IHC,IF等)需要通過(guò)第二抗體(二抗)的進(jìn)一步結(jié)合和信號(hào)放大,而第yi抗體是通過(guò)特定抗原免疫動(dòng)物而獲得,產(chǎn)生抗體的動(dòng)物來(lái)源也決定著第二抗體的選擇。一般說(shuō)來(lái),在使用無(wú)偶聯(lián)物的一抗時(shí),一抗宿主動(dòng)物的物種選擇較為重要,對(duì)于免疫組化而言,盡可能選擇與樣本不同種系物種的一抗,從而避免二抗與樣本內(nèi)源性免疫球蛋白產(chǎn)生交叉反應(yīng),例如:檢測(cè)小鼠樣本蛋白,則不應(yīng)選擇小鼠或大鼠源的一抗,選兔源的一抗。

 

7)抗體的克隆號(hào)(如D6B6:CST的某些抗體會(huì)含有克隆篩選過(guò)程中確定的原始克隆位置編號(hào)信息,如Phospho-EGF Receptor (Tyr1173) (53A5) Rabbit mAb #4407中的53A5就是原始的克隆號(hào)。這些信息一般對(duì)于抗體選擇沒(méi)有太大的影響,只是當(dāng)同樣的修飾位點(diǎn)有不同的克隆來(lái)源時(shí),用克隆號(hào)標(biāo)注以示來(lái)源不同。

 

8)抗體的規(guī)格:CST抗體一般有3種規(guī)格,分別是40 µl ( 4 western blots )、100 µl ( 10 western blots ) 和300 µl ( 30 western blots )。zui為常見的是100 µl ( 10 western blots )。10 western blots 代表該抗體可以做 10 次標(biāo)準(zhǔn) western blots 膜的孵育,即大約可做100個(gè)樣本。具體計(jì)算如下:該抗體用于 WB 的稀釋比例為 1:1000,我們假定一張膜多用 10 ml 一抗工作液孵育,那么,需用 10ml 的 TBST, 按照說(shuō)明書上建議的 5%BSA 或者 5% non-fat milk, 加入 10ul 的抗體配置成一抗工作液。因此,100ul 一抗原液可用于 10 次 western blots。

 

以查找ISG15抗體為例,先登陸CST公司網(wǎng)站,然后在 Search方框里輸入ISG15,會(huì)出來(lái)#2578和#2743這兩個(gè)抗體,讓我們看一下它們的區(qū)別:#2758 是個(gè)兔單抗,括號(hào)里的 22D2 代表克隆號(hào),可以做的實(shí)驗(yàn)是 Western(免疫印跡)、IP(免疫沉淀),可應(yīng)用的種屬是 H(人)和 Hr(馬);#2743 是個(gè)兔多抗(可查看產(chǎn)品信息頁(yè)面“Source / Purification”部分),可以做的實(shí)驗(yàn)是 Western、F( 流式細(xì)胞術(shù) )、E-P( 以肽為包被抗原的 ELISA),應(yīng)用的種屬是 H、M(小鼠)、Mk(猴子)。如果說(shuō)你要做 Western,所用的樣本來(lái)自人,那么這兩個(gè)抗體都是可以的。

 

三、CST二抗(secondary antibody)的選擇

 

二抗的選擇先要考慮一抗的物種來(lái)源,例如:如果選擇的一抗是小鼠的單克隆抗體,二抗則選抗小鼠的二抗anti-mouse secondary。其次,二抗的選擇要考慮具體的應(yīng)用類型,CST提供的二抗根據(jù)不同的應(yīng)用分為兩大類:酶聯(lián)(HRP或AP偶聯(lián))二抗(免疫印跡和免疫組化應(yīng)用)和熒光二抗(免疫熒光和流式應(yīng)用)。

 

二抗連接的標(biāo)記酶多為辣根過(guò)氧化物酶(HRP)或堿性磷酸酶(AP),標(biāo)記酶通過(guò)生化反應(yīng)與其底物產(chǎn)生有顏色的沉淀物,從而顯示目的蛋白的位置和含量,一般常見各種底物信息如下:

 

辣根過(guò)氧化物酶 Horseradish peroxidase(HRP)

堿性磷酸酶 Alkaline phosphatase(AP)

AEC (red)

Fast red(pink)

DAB (brown)

INT (yellow/ brown)

 

NBT (brown/ purple)

 

New Fuchsin (red)

 

TNBT (purple)

 

Vega red (pink)

 

而熒光標(biāo)記物用特殊波長(zhǎng)的光激發(fā)時(shí)發(fā)射出可見光,CST采用的熒光標(biāo)記物多為Alexa Fluor®系列染料,分別為Alexa Fluor®488、555,594和647。另外,CST還具有非可見光區(qū)的染料偶聯(lián)抗體,主要使用的Dylight系列染料,分別為DyLight™680和DyLight™800 Conjugate。這些熒光染料的激發(fā)光和發(fā)射光波長(zhǎng)信息如下。

 

 

大激發(fā)波長(zhǎng)

大發(fā)射波長(zhǎng)

Alexa Fluor® 488

490nm

525nm

Alexa Fluor® 555

555nm

580nm

Alexa Fluor® 594

590nm

617nm

Alexa Fluor® 647

650nm

665nm

DyLight™ 680

692nm

712nm

DyLight™ 800

777nm

794nm

CST還有一些特殊的二抗用于特定的應(yīng)用,如構(gòu)象特異性或單鏈特異性二抗,是為了防止在免疫沉淀(IP)這一應(yīng)用中二抗與微珠結(jié)合的抗體在后續(xù)的WB檢測(cè)中發(fā)生交叉反應(yīng)而特別設(shè)計(jì)的。